安捷伦4200生物分析仪的原理主要基于自动化、高通量以及预制胶电泳技术，用于对生物样品进行质量控制。它在新一代测序（NGS）、生物微阵列芯片分析和qPCR工作流程中发挥着重要作用。
该仪器使用一次性安捷伦ScreenTape预制胶条，这些胶条的大小适中，适用于DNA和RNA应用。在样品分析过程中，用户只需将ScreenTape预制胶条装载到4200 TapeStation系统上，并将96孔样品板或条管放入机器内。之后，所有的移液、加样、检测工作均由系统自动完成，极大地简化了操作流程。
安捷伦4200生物分析仪采用电泳分离和荧光检测的原理来测量样品中的核酸浓度和质量。这一方法结合了仿真凝胶电泳和毛细管电泳的优点，实现了快速、准确的核酸样品分析。每个样品的分析时间仅需大约1分钟，且一次可以分析1-96个样本，大大提高了分析效率。同时，单个样本的成本并不受样本数量的影响，使得该仪器在经济上也具有优势。
此外，安捷伦4200生物分析仪的DNA完整值（DIN）功能可以对DNA进行量化评估，帮助科学家在新一代测序（NGS）及比较基因组杂交（aCGH）工作流程中评估基因组DNA（gDNA）。这一功能使得该仪器在基因组学研究中具有广泛的应用前景。
总的来说，安捷伦4200生物分析仪通过自动化、高通量的操作以及精确的核酸分析功能，为生物样品的质量控制提供了便捷、高效的解决方案。随着基因组学技术的不断发展，该仪器已成为RNA样品质量控制（QC）的行业标准，并在DNA片段分析和蛋白样品分析方面迅速取代传统的凝胶电泳技术，成为分子生物学家和生物化学家们不可或缺的工具之一。