简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)又称作微卫星序列(microsatellite, MS),是一类由1-6个核苷酸为基本单位多次重复而形成的DNA片段。SSR数量丰富、多态性高、均匀覆盖整个基因组、呈共显性遗传且检测简单,因此被作为第二代分子标记广泛应用于遗传图谱构建、目标基因定位、遗传多样性研究、分子辅助育种、种质资源鉴定等领域。
传统的SSR检测流程一般为PCR后跑胶、染色、人工分析,其步骤繁琐且需要占用大量的人力和时间。
Agilent ZAG DNA分析仪是一款基于96道平行毛细管的自动化电泳系统,可全自动完成灌胶、上样、跑胶和批量结果分析,大大解放您的人力和时间。
ZAG DNA分析仪
1 高通量
ZAG DNA分析仪采用96道平行毛细管,一次同时运行96个样品。具有9个放96孔样品板的位置,可在无人值守的情况下连续运行9块96孔板即864个样品。
2 快速
最快20min即可完成96个样品的电泳分离(ZAG-135 dsDNA kit),24 小时内可处理 48块96 孔板即4608个样品。
3 分辨率高达3bp
可轻松实现仅3 bp差异的DNA片段(300bp以内)的分离和分子量测定。
4 多样化的结果
ZAG DNA分析仪的结果包括数字化胶图、电泳谱图及可自定义分析的数据表,结果可导出CSV及PDF格式。
5 批量数据处理
ZAG DNA分析仪采用ProSize分析软件,其批量处理模式可比较同一次运行或多次运行中的片段的分子量大小、峰高和分离谱图等,可同时处理超过100个样品板。通过逻辑运算AND、OR、AND NOT、NOR等自定义分析Flag,软件可自动输出逻辑运算结果,从而实现批量分型分析。
注:0=false,1=true
实例图展示
Anju Biswasa等发表在Scientia Horticulturae上的题为“Characterization of strawberry (Fragaria spp.) accessions by genotyping with SSR markers and phenotyping by leaf antioxidant and trichome analysis”的文章中利用 35 个 SSR 标记对 33 个草莓品种进行基因分型,以观察所研究品种之间的遗传多样性或相关性。其中SSR分析采用了Fragment Analyzer片段分析仪及PRO Size™2.0软件。(注:Fragment Analyzer片段分析仪与ZAG DNA分析仪同样采用96道并行毛细管的原理,但只能连续运行3块96孔板)
33 种草莓FAC-016 引物(35种引物的一种)的SSR扩增结果。Lower Marker为35bp, upper Marker为500bp。
Agilent ZAG DNA分析仪为您提供自动化、高通量、快速的SSR电泳和分析。